改善蛋白質印跡重複性

重複性對於科學過程**關重要,使其他實驗室能夠驗證並在已發布的結果基礎上進行構建。但越來越明顯的是,科學文獻並不總能滿足這些期望。這種不確定性大部分源於方法細節的報告不一致,導致對結果的錯誤解釋。這些方法本身也可能導致不可再現性。

2013年,Nature推出了  新的編輯標準,以提高生命科學文獻報道的一致性和質量。這些標準要求作者“描述可能引入偏倚或影響穩健性的方法學參數[1],”包括“反映測定和/或樣品製備[2]變異的技術重複”。

蛋白質印跡是一種具有固有變異性的方法。不同的抗體批次和克隆可能表現不同,因此很難比較實驗室之間甚**同一實驗室內的結果。凝膠加載,轉移效率和其他因素是額外的,公認的可變性來源。

Western blotting的另一個關鍵方麵受到較少關注:檢測和成像。這一方麵對於定量比較**關重要,蛋白質水平的相對分析越來越常見。使用比色,化學發光或熒光方法用標記的抗體檢測蛋白質印跡。化學發光檢測是**常用的方法,也是**難以準確量化的方法。

LI-COR Biosesciences的科學家**近研究了化學發光蛋白質印跡成像中的變異性和誤差來源。在這裏,亚博最新版回顧他們的發現。

化學發光的局限性

化學發光蛋白質印跡使用酶綴合的抗體來催化反應。底物分子的氧化產生瞬態光信號。當反應發生時,發射的光用X射線膠片或數字成像器成像。

化學發光蛋白質印跡成像的可變性和誤差來自兩個關鍵來源:酶化學發光反應的動力學,以及發現捕獲微弱和強信號的“**佳”暴露的挑戰。

化學發光檢測的酶促性質使得靈敏度高但依賴於底物濃度。這是一個問題,因為底物濃度隨著反應的繼續而變化 - 並且在印跡的不同區域以不同的速率變化。在具有高抗體濃度(強條帶)的區域比低濃度(較暗條帶)更快地消耗底物。

隨著反應的進行,基板可用性的變化會影響強和微弱帶的相對信號強度。如果較少的基板可用於氧化,則較強的信號變得不足。這種不可預測的,無聲的可變性來源取決於圖像捕獲的時間和印跡上的試劑分布。由此產生的可變性可能限製從一個實驗到下一個實驗的再現性。

此外,大多數印跡成像方法需要多次曝光以記錄該方法的線性範圍內的微弱和強帶。但是,在甚**檢測到較弱的信號之前,強烈的信號可能會使許多檢測方法的容量飽和或“爆炸”。短時間曝光通常用於捕獲線性範圍內的強條帶,然後進行更長時間的曝光以檢測較暗的條帶。在單次曝光中準確捕獲所有信號強度幾乎是不可能的,並且反應的動態性質使得識別“**佳”曝光時間變得更加困難。

在線性範圍內成像

檢測方法的線性範圍決定了多次暴露的必要性,以及酶/底物動力學對結果的潛在影響。理想的成像方法可以捕獲單次曝光中的所有數據,在線性檢測範圍內捕獲微弱和強烈的條帶。

亚博yaboApp官网比較了X射線膠片,商用CCD成像係統(“Imager B”)和LI-COROdyssey®FcImager的線性檢測範圍。一個Harta發光計參考板,有七個LED,產生超過七個數量級的一致光,用作光源。(見圖1)

圖1. 各種方法的線性檢測範圍

薄膜呈現出非常窄的線性範圍,不適合廣泛的信號強度。成像器B顯示出改進的線性範圍,盡管在較長曝光期間強信號仍然飽和。LI-COR Odyssey Fc成像儀是三者中**好的,具有非常寬的線性範圍並且沒有觀察到信號飽和。該係統在所有曝光時間內捕獲單個圖像中的微弱和強信號。

與其他基於CCD的成像器不同,Odyssey Fc係統獨特的光學技術可以帶來微弱的條帶,而不會使較強的條帶飽和,並且可以在非常寬的動態範圍內(**多6個日誌)進行飽和。無需優化圖像捕獲設置,單個數字圖像可替換多個曝光的疊加。

在一次曝光中捕獲所有信號減少了化學發光檢測動力學引入的可變性。在酶促反應的同一階段收集微弱和強烈的條帶,以獲得更一致的底物可用性和更可靠的定量分析-特別是當條帶強度變化時。該係統還檢測兩個波長的近紅外熒光信號並對DNA凝膠成像。

提高蛋白質印跡的重現性

當然,可以從膠片或標準數字成像器獲得可靠的結果。您需要仔細校準每個實驗的線性範圍。使用內部對照進行標準化可以提高精確度,但要確保在係統的線性範圍內檢測到對照和目標蛋白質。提高精度可能需要稀釋係列,額外的控製和大量的技術重複。

新的自然報告要求強調了在線性範圍內檢測的重要性,並且不鼓勵使用僅顯示強烈波段的短曝光。對於電泳和凝膠數據,指南指出,“必須使用具有線性信號範圍的適當試劑,對照和成像方法。曝光通常應該是產生灰色背景。不鼓勵使用高對比度的凝膠和印跡,因為過度曝光可能掩蓋其他條帶。如果高對比度是不可避免的,應在補充信息中提供多次曝光[2]。

該研究表明,LI-COR Odyssey Fc成像儀可以為化學發光蛋白質印跡提供更準確,定量的解決方案。消除多次曝光的需要簡化了數據分析,並**大限度地減少了化學發光檢測過程中酶/底物動力學引入的變異性。在單個圖像中捕獲全部數據有助於您獲得始終如一的可靠結果-並且更容易滿足發布Western印跡數據的新的,越來越嚴格的要求。

完整的研究“Western Blots的膠片和CCD成像:曝光時間,信號飽和度和線性動態範圍”(LI-COR Biosesciences,2014)可在此處獲得。